A habilitação ao Programa Inovar-Auto fica condicionada ao compromisso da empresa solicitante de atingir níveis mínimos de eficiência energética em relação aos produtos comercializados no país. Entende-se por eficiência energética níveis de autonomia expressos em quilômetros por litro de combustível (Km/l) ou níveis de consumo energético expressos em megajoules por quilômetro (MJ/Km) medido segundo regras estabelecidas na legislação do Programa. A meta estabelecida como compromisso obrigatório das empresas habilitadas (meta habilitação) aumenta a eficiência energética dos automóveis produzidos no país em 12,08% em relação aos veículos produzidos no país no ano de 2011 e deverá ser cumprida até 1º de novembro de 2017. Além da meta obrigatória prevista para habilitação, o Programa também estabelece metas adicionais (metas desafio) em que as empresas poderão melhorar ainda mais a eficiência energética dos automóveis produzidos e poderão, por esse mérito, usufruir de incentivos fiscais quanto ao IPI. Na hipótese de não atingimento da meta obrigatória de habilitação, a empresa habilitada estará sujeita à multas previstas na legislação, sendo cada vez maiores quanto mais distante a empresa habilitada estiver aquém da meta mínima estabelecida. As empresas, para cumprir a meta mínima obrigatória, têm buscado realizar investimentos em inovação, tecnologia, design e melhoria de seus produtos de forma geral para que o compromisso seja atingido em conformidade com o prazo estipulado pelo Programa Inovar-Auto.